目前，潔凈技術已廣泛應用于各行各業(yè)或其他要求防止粒子污染、微生物污染的環(huán)境控制。藥品是用于預防、治療疾病和恢復、調(diào)整機體功能的特殊商品，它的質(zhì)量直接關系到人的健康和安危。如果一些藥品在制造過程中受到微生物、塵粒等污染或交叉污染，可能會產(chǎn)生預料不到的疾病和危害。

而在醫(yī)學中，多采用生物潔凈室進行微生物污染控制。在生物潔凈室里，這些微生物多由細菌和真菌組成，粒徑尺寸在0.2um以上，常見的細菌粒徑都在0.5um以上，并且多數(shù)依附在其他物質(zhì)微粒上。生物污染渠道不僅通過空氣，還與人體、與操作人員的服裝有關。在醫(yī)學研究領域中，生物實驗室、無菌實驗室以及供生物化學、醫(yī)學實驗用的“特殊飼養(yǎng)動物”飼養(yǎng)室也都十分需要控制微生物污染。在食品工廠的生產(chǎn)過程中，設施的嚴格管理是確保食品的安全衛(wèi)生，防止發(fā)生由于病原大腸菌、沙門氏菌造成的食品中毒或飲料中混入霉菌等的重要手段。20世紀90年代至今，WHO及一些發(fā)達國家引入HACCP（危害分析重點控制點）系統(tǒng)，制定了利用衛(wèi)生管理生產(chǎn)過程的食品生產(chǎn)承認制度。